Successivamente si scoprirà che il vero colpevole dell'omicidio è un monaco albino di nome Silas, che fa parte dell'Opus Dei e lavora per un misterioso personaggio chiamato "Il Maestro", il quale intende scoprire la "chiave" per il ritrovamento del Santo Graal. Si viene a sapere inoltre che Saunière faceva parte di un'antica e misteriosa società segreta nota come Priorato di Sion, che nasconde un segreto che potrebbe compromettere i fondamenti stessi del Cristianesimo nella versione tramandata dalla Chiesa cattolica, ossia quello del matrimonio di Gesù con Maria Maddalena e della nascita di una discendenza da queste nozze: una discendenza che, perseguitata dalla Chiesa e creduta estinta, sopravvive invece in forma segreta, protetta appunto dal Priorato di Sion, di cui i Templari non sarebbero che il braccio armato. La chiave del segreto del Graal è però da ricercare nell'allusivo linguaggio della pittura, dal momento che proprio i pittori, in primis Leonardo Da Vinci e Nicolas Poussin, si sono assunti il compito di nascondere in una complessa rete di simboli, nascosti all'interno delle loro opere, il segreto del Graal. Decifrare questi simboli sarà appunto il compito di Langdon e di Sophie Neveau, che alla fine riusciranno a risolvere l'enigma.

Silas (alias Paul Bettany), il sinistro monaco albino dell'Opus Dei

in una scena del film del 2006

Non è difficile comprendere perché il romanzo abbia suscitato tanto scalpore: l’idea di fondo è che la Chiesa sia stata artefice della "più grande opera di insabbiamento della storia", allo scopo di nascondere la chiave del segreto del Graal e di far sparire il ricordo delle sue pesanti responsabilità nell'annientamento della discendenza di Cristo (soprattutto attraverso l'avallo dell'eliminazione dell'ultimo dei Merovingi, i "re taumaturghi" ritenuti discendenti diretti di Gesù e di Maria Maddalena, da parte dei Carolingi).

Dan Brown aderisce dunque in pieno alla "teoria del complotto", tesi che invece Umberto Eco rifiuta come risibile.

Come accennavo all'inizio, Baigent, Lincoln e Leigh, autori de Il Santo Graal, hanno subito gridato al plagio, e non senza motivo: le loro tesi sono riprese quasi alla lettera ne Il codice Da Vinci; ma anche Umberto Eco si è sentito non poco indispettito dalla evidente rielaborazione della falsariga da lui stesso tracciata nel 1988 con il romanzo Il pendolo di Foucault, rielaborazione doppiamente irritante, dal suo punto di vista, perché completamente priva di quell'ironia che costituiva la chiave di comprensione dell'intero romanzo: Dan Brown sembra prendere sul serio il "piano del complotto" inventato per gioco dai tre protagonisti del Pendolo ed il relativo "ciarpame occultista", con il risultato che, come osserva Eco in un'intervista, Brown stesso finisce per essere "una delle sue creature".

Che Dan Brown sia consapevole del pesante debito che paga nei confronti de Il Santo Graal è evidente da numerosi indizi: il nome di uno dei personaggi del romanzo, lo storico Leigh Teabing, è stato creato utilizzando il cognome di Richard Leigh e l’anagramma del cognome di Michael Baigent; inoltre il cognome del curatore del Louvre, Saunière, è lo stesso del curato di Rennes-le-Château legato con il Priorato di Sion, che è al centro delle indagini di Baigent, Leigh e Lincoln.