Restando sul piano storico, Maria Maddalena è rappresentata anche nei Vangeli canonici come un personaggio molto importante nella vita di Gesù: la sua presenza alla Crocifissione e nella successiva visita alla tomba hanno fatto ipotizzare ad alcuni che il suo ruolo particolare derivasse dall'esserne la vedova, mentre altri la considerano semplicemente una seguace che gli era stata molto vicina e che si era assunta il compito di occuparsene insieme alla madre Maria.

Chi sia in realtà Maria Maddalena è questione ben lungi dall'essere risolta: molto spesso ella viene confusa con la peccatrice di Luca 7,36-50, secondo una tesi che nasce da un'omelia di papa Gregorio Magno pronunciata nel 591 a Roma nella basilica di San Clemente: rimane abbastanza oscura la ragione che portò Gregorio ad inventarsi di sana pianta questo accostamento, che fa di Maria Maddalena una prostituta. Di fatto sia gli autori orientali prima, sia i protestanti dopo, mantennero sempre distinte le figure di Maria e della peccatrice. La Chiesa Romana Cattolica nel Secondo Concilio Vaticano del 1969 ha negato il collegamento tra le due figure, che tuttavia persiste nell'immaginario collettivo occidentale.

Leonardo (?) e Giampietrino, Maddalena discinta, 1515 circa

Un dubbio più fondato riguarda l'identificazione di Maria Maddalena con Maria di Betania, la sorella di Marta e del risorto Lazzaro (Luca 10,38-42 e Giovanni 1,10), identificazione tutt'altro che sicura, anche se data per scontata da molti.

Infine, nel Medioevo era molto diffusa l’idea che Maria Maddalena fosse una sacerdotessa di sangue reale e sposa di Gesù; alla diffusione di questa tesi contribuì certamente l’arcivescovo di Mayence, Raban Maar (776-856), il quale, nella sua opera La vita di Maria Maddalena, scrive che la madre di Maria Maddalena, Eucharia, era di sangue reale asmonita, il che faceva di Maddalena una principessa.

Esiste inoltre un gruppo di eruditi revisionisti che hanno suggerito che Maria Maddalena sia stata una leader della prima Chiesa e forse anche il non meglio identificato "discepolo che Gesù amava" al quale è stato attribuito il quarto Vangelo, comunemente chiamato Vangelo di Giovanni. La più nota di questi studiosi è Elaine Pagels. Questa visione non ortodossa della figura di Maria Maddalena è dettagliatamente esposta da Ramon K. Jusino in Maria Maddalena, autrice del Quarto Vangelo? del 1998, sulla base delle ricerche di Raymond E. Brown, un erudito biblico cattolico tradizionale. Ann Graham Brock ha ribadito questa interpretazione in Mary Magdalene, The First Apostle: The Struggle for Authority, Harvard University Press 2003, dimostrando che il cristianesimo iniziale ritrae l'autorità rappresentata o da Maria Maddalena o da Pietro, ma non da entrambi; sarebbe Luca il principale promotore del concetto più ristretto di "apostolo", rigorosamente di genere maschile, che ha sminuito o addirittura negato il ruolo di Maria ed esaltato quello di Pietro. In tale tradizione Maria Maddalena è sostituita spesso da Maria, madre di Gesù, una figura femminile che non "disturba" perché passiva e sottomessa all'autorità di Pietro. Anche  Ki Longfellow, nel suo racconto The Secret Magdalene (Eio Books, 2005), vede Maria non solo come l'autrice del Vangelo di Giovanni, ma come il "discepolo che Gesù amava".

Non sarà fuori luogo dedicare una riflessione più approfondita a questa misteriosa figura.

Chi è il misterioso "discepolo che Gesù amava"?  Perché ne parla solo Giovanni? E perché ne omette sistematicamente il nome?

La figura di questo discepolo compare più volte in Giovanni, e precisamente in 13.23, 19.26-27, 20.1-10, 21.7 e 21.20-24; ma la circostanza più nota e significativa è quella che riguarda l'ultima cena, quando di lui si dice che, all'annuncio del tradimento imminente, reclinò il capo sul petto del Maestro (13.23).

A questo riguardo sono state formulate diverse ipotesi. Tradizionalmente il discepolo prediletto è stato identificato con lo stesso autore del quarto vangelo, Giovanni figlio di Zebedeo e fratello di Giacomo "Maggiore". Ma, se così fosse, quale motivo avrebbe l'autore di nasconderci di essere proprio lui il discepolo prediletto?

Baldassarre Carrari il Giovane, San Giovanni (ca. 1500)

Le possibili spiegazioni proposte sono in sostanza tre:

1. una sorta di pudore o di ritegno da parte di Giovanni, che non vorrebbe vantarsi di questa predilezione;

2. l'occultamento del nome da parte di qualcuno che voleva impedire di credere che il vero leader del gruppo degli apostoli fosse Giovanni, e non Pietro;

3. il timore di scandalizzare i lettori cristiani, che avrebbero potuto nutrire sospetti sul rapporto fra Gesù e Giovanni.

Sono ipotesi a nostro parere abbastanza deboli: infatti non è mancato chi ha respinto l'identificazione di questo amato discepolo con Giovanni, per proporre altre identità. La più interessante è quella di Lazzaro.